จากการสร้างสรรค์ผลงานทางด้านสถาปัตยกรรมไทยจนเป็นที่ยอมรับ ทำให้ได้รับการประกาศเกียรติคุณจากหลายหน่วยงาน ได้แก่ คนดีศรีมหาวชิราวุธ ปริญญาศิลปศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ ปริญญาสถาปัตยกรรมศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สถาปนิกดีเด่น บุคคลตัวอย่างด้านการอนุรักษ์ศิลปสถาปัตยกรรมไทย สถาปนิกผู้มีผลงานดีเด่นด้านการสร้างสรรค์ผลงานสถาปัตยกรรมไทย ประเภทกิจกรรมและโครงการดีเด่น สถาปนิกผู้มีผลงานดีเด่น ด้านการอนุรักษ์ สร้างสรรค์ และสืบทอดผลงานสถาปัตยกรรมไทย การยกย่องเชิดชูเกียรติเป็นศิลปินแห่งชาติ สาขาทัศนศิลป์ (สถาปัตยกรรม) บุคคลดีเด่นของชาติ สาขาพัฒนาสังคม (สถาปัตยกรรมไทย) ได้รับพระราชทานเหรียญดุษฎีมาลา เข็มศิลปวิทยา (ดม.ศ.) รางวัลนิคเคอิเอเชีย ไพรซ์ สาขาศิลปวัฒนธรรม และอื่น ๆ อีกมากมาย

อาจารย์ภิญโญได้รับเชิดชูเกียรติจากคณะสถาปัตยกรรมศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นศาสตราภิชาน ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2552 - 30 กันยายน 2554 ในสาขาสถาปัตยกรรม

• 2531: โล่เชิดชูเกียรติผู้บำเพ็ญประโยชน์ มูลนิธิมหาวชิราวุธ
• 2531: ปริญญาศิลปศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ
• 2536: บุคคลตัวอย่างด้านอนุรักษ์ศิลปะสถาปัตยกรรมไทย สมาคมสถาปนิกสยามในพระบรมราชูปถัมภ์
• 2536: ปริญญาสถาปัตยกรรมศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง
• 2537: พระราชทานกิตติบัตร สมาคมสถาปนิกสยามในพระบรมราชูปถัมภ์
• 2537: รางวัล ศิลปินแห่งชาติ สาขาทัศนศิลป์ (สถาปัตยกรรม) สำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ
• 2538: พระราชทานโล่และเข็มเชิดชูเกียรติ
• 2539: สถาปนิกผู้มีผลงานดีเด่นด้านการสร้างสรรค์สถาปัตยกรรมไทย คณะกรรมการวันอนุรักษ์มรดกไทย
• 2540: โล่เชิดชูเกียรติคนดีศรีมหาวชิราวุธ สมาคมนักเรียนเก่ามหาวชิราวุธ
• 2540: สถาปนิกดีเด่นด้านการอนุรักษ์ สร้างสรรค์และสืบทอดผลงานสถาปัตยกรรมไทย คณะกรรมการวันอนุรักษ์มรดกไทย
• 2540: บุคคลดีเด่นของชาติ สาขาพัฒนาสังคม คณะอนุกรรมการเอกลักษณ์ของชาติ
• 2543: รางวัลนิคเคอิ เอเชียไพรซ์ (สาขาศิลปวัฒนธรรม) (เข้ารับมอบรางวัล เมื่อวันที่ ๗ มิถุนายน ๒๕๔๓ ณ ประเทศญี่ปุ่น)
• 2544: รางวัลเอเซียแปซิฟิก (สาขาศิลปวัฒนธรรม) (ได้รับรางวัลบุคคลดีเด่นในด้านศิลปวัฒนธรรมในภูมิภาคเอเชียแปซิฟิก)
• 2544: ปริญญาสถาปัตยกรรมศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาวิทยาลัยเกษมบัณฑิต
• 2545: ปริญญาสถาปัตยกรรมศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
• 2546: ราชบัณฑิตสำนักศิลปกรรม ประเภทสถาปัตยศิลป์ สาขาวิชาสถาปัตยกรรม
• 2549: เพชรสยาม มหาวิทยาลัยราชภัฎจันทรเกษม